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科学家发明RNA测序新方法——检测亚细胞水平转录组空间分布

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  斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展,发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法,研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell,论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。
  该研究发明了一种名为APEX-Seq的RNA测序技术,通过基因编码的过氧化氢酶APEX2(engineered ascorbate peroxidase 2)经过H2O2催化1分钟后,直接在活细胞内对指定区域(利用特异性融合蛋白或定位信号将APEX定位在目标区域)的RNA进行高精度的生物素标记,利用亲和素修饰的磁珠对标记的RNA富集以进行深度测序。该研究对包括细胞核、核孔、核纤层、核仁、细胞质、内质网外膜、内质网内膜、线粒体基质、线粒体外膜在内的9个亚细胞区域/结构的RNA组成进行了全面的分析,绘制了HEK293细胞内以这9个位置为坐标的转录组空间分布图谱,以及细胞在不同刺激下部分区域RNA分布的动态变化。

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